Enquanto intérprete especializado nos repertórios medieval, renascentista e barroco, Pedro Sousa Silva possui uma carreira de mais de 25 anos. Após estudos musicais com Pedro Couto Soares (ESML) e Pedro Memelsdorff (Civica Scuola di Musica di Milano), musicologia (Universidade Nova de Lisboa), realizou um doutoramento na Universidade de Aveiro com uma tese que aborda a interacção entre teoria e prática no renascimento.
Realizou cerca de 200 concertos na maior parte dos países da Europa ocidental e Brasil, sempre no contexto de grupos especializados na interpretação histórica, destacando-se as suas colaborações com músicos de renome como Enrico Onofri, Riccardo Minasi, Lawrence Cummings ou Amandine Beyer. Actualmente, desenvolve a maior parte da sua actividade artística com o seu grupo Arte Minima (dedicado à música portuguesa do século XVI), com a orquestra barroca Gli Incogniti (dir. Amandine Beyer), onde actua como solista num programa em torno dos concertos de J. S. Bach, e com o grupo medieval Vozes Alfonsinas (dir. Manuel Pedro Ferreira).
É professor na ESMAE desde 2002, onde foi co-responsável pela criação do Curso de Música Antiga e fundador da pós-graduação Polyphonia. É convidado regular das mais prestigiadas instituições musicais internacionais para dar masterclasses de flauta ou seminários sobre aspectos relacionados com a interpretação do repertório renascentista (e.g. Schola Cantorum Basiliensis, Universität für Musik und darstellende Kunst Wien, Joseph Haydn Konservatorium, Koninklijk Conservatorium Brussel, Norges Musikkhøgskole, Akademie für Alte Musik Bremen, Hochschule für Musik Trossingen, Universidade Estadual de São Paulo).
Enquanto académico promove uma forte articulação entre investigação histórica e performance, e é nessa perspectiva que integra actualmente 3 equipas de investigação internacionais em temáticas medievais e renascentistas.
Desde 2007 que desenvolve também actividade no campo da produção discográfica, tendo produzido e editado os CDs Arte da Usurpação (Phonoedition 2007) e The Bad Tempered Consort (Challenge Classics 2009) do grupo A Imagem da Melancolia (este eleito pelo Público como um dos melhores 10 discos de música clássica desse ano), Volúpia (Numérica 2012) do Ensemble Darcos (música de Nuno Côrte-Real); Royne des Fleurs (CESEM-P.Porto 2021) do ensemble Sesquialtera e In Splendoribus (musicusminusculus 2021) do grupo Arte Minima.