Com dupla nacionalidade portuguesa e suíça, Rui Lopes estudou no Porto, Basileia e Munique, nas classes dos professores Hugues Kesteman, Sergio Azzolini e Marco Postinghel.
Foi laureado em vários concursos, entre os quais com o 1º Prémio no Concurso de Interpretação do Estoril 2008. Participou em diversos festivais, como os de Schleswig-Holstein, Martinu, Davos, Lucerna, SoNoRo, Oficina de Música de Curitiba e Stellenbosch.
Apresentou-se como solista com a Orquestra Sinfónica Portuguesa, a Orquestra da Ópera Nacional Finlandesa, a Orquestra Sinfónica de Zurique, a Orquestra Sinfónica de Basileia, a Orquestra de Câmara Checa e a Orquestra de Câmara Kremlin, entre outras. Tocou como 1º Fagote na Orquestra de Paris, na Camerata de Berna, na Orquestra de Câmara de Zurique, na Orquestra de Câmara de Basileia, entre outras, trabalhando com músicos como Maurizio Pollini, Christoph Eschenbach, Bernard Haitink, Esa-Pekka Salonen e Pierre Boulez.
Foi 1º Fagote Solo da Ópera Nacional Finlandesa, Fagote Solista do Ensemble Nacional Espanhol de Música Contemporânea em Madrid e, posteriormente, professor de Fagote e Música de Câmara na Universidade de Aveiro, na Academia Nacional Superior de Orquestra e no Conservatório do Luxemburgo. É membro dos grupos Camerata Variabile Basel, Mythen Ensemble, Portuguese Chamber Soloists.
Colaborou com compositores como Sir Harrison Birtwistle, Dieter Ammann, Wynton Marsalis e Marcelo Nisinman e já estreou várias obras a si dedicadas.
O seu último CD a solo, “Through Time”, onde toca como solista com a Orquestra de Câmara Inglesa, foi amplamente elogiado pela crítica.